Theo Điều 2, Quyết định số 06/2018/QĐ-TTg ngày 23/1/2018 của Thủ tướng Chính phủ, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam có các nhiệm vụ, quyền hạn chính trong thực hiện chức năng quản lý nhà nước về:

1. Điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo.
2. Quản lý tổng hợp tài nguyên biển và hải đảo.
3. Kiểm soát tài nguyên, bảo vệ môi trường biển và hải đảo.
4. Quan trắc, giám sát tổng hợp và hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu về tài nguyên môi trường biển và hải đảo.